Caravaggiův obraz Ležící Jan Křtitel, který je považován za jeho poslední, je ve srovnání s ostatními díly sotva známý. Důvodem jsou spory, které vznikly po Caravaggiově smrti ohledně připsání díla mistrovi. Obraz byl objeven v Argentině a nyní je součástí soukromé sbírky v Mnichově. Důvody, proč se domnívat, že obraz by mohl být od Caravaggia, jsou kromě stylu a námětu následující: v červenci roku 1610, po zprávě o Caravaggiově smrti, napsal biskup z Caserty kardinálu Scipione Borgheseovi, že v neapolském paláci markýzy Caravaggiové jsou tři malířovy obrazy.
Byli to dva svatí Janové a jedna Magdaléna. Obrazy byly určeny pro Borgheseho a ten pověřil markýzu, aby se mu o ně postarala. Naneštěstí pro Borghese je o dva dny později zabavil šéf maltézkých rytířů v Neapoli s odůvodněním, že Caravaggio byl rytířem řádu a veškerý jeho majetek nyní patří řádu - což nebyla pravda, protože Caravaggio byl z řádu vyloučen v roce 1608. Nově příchozí španělský místokrál v Neapoli se o této záležitosti dozvěděl, ale v domnění, že obrazy jsou v Porto Ercole, napsal veliteli tamní španělské posádky, že rytíři na ně nemají právo a že by měly být vráceny místokráli, „zejména obrazy Jana Křtitele". Není jisté, co se s jednotlivými obrazy stalo poté. Kardinál Borghese obdržel obraz s názvem Mládí s beranem o více než rok později. Další dva obrazy - Magdaléna a druhý svatý Jan - zmizely. Je však možné, i když neprokázané, že se místokráli podařilo zajistit druhého svatého Jana. Pravděpodobně by ho vzal zpět do Španělska a odtud by se pak mohl dostat do Jižní Ameriky. To vše jsou však spekulace - je třeba zdůraznit, že nikdo nezná přesnou totožnost obrazů, o které se jedná.